2009年國家自然科學基金項目申請數量持續(xù)增長，截止到9月1日，共收到各類申請100778項。其中在3月1日-20日申請集中接收期間，共接收申請97755項。與2008年同期相比，項目申請數量增加了17896項，增長22.41%，增長幅度超過了2007年的11.12%和2008年的13.48%。
在集中接收的各類項目申請中，青年科學基金申請量繼續(xù)保持迅猛增長態(tài)勢，近年來增長率始終超過25%，2009年更達到34.98%。面上項目申請增量較大，增加了8217項，增長16.67%;地區(qū)科學基金申請量比2008年大幅度增加，增加了1486項，增長44.46%。
根據項目申請量特別是青年科學基金和地區(qū)科學基金項目大幅度增加的現狀，為在資助工作中突出“更加側重基礎、側重人才”的戰(zhàn)略導向，國家自然科學基金委員會及時調整了資助計劃，青年科學基金和地區(qū)科學基金同比均增加了29%。面上項目、青年科學基金和地區(qū)科學基金三類項目經費合計占自然科學基金總經費比例達66.8%，同比提高了約4.3個百分點，為科學技術人員在廣泛學科領域自由探索提供了有力支持。
經過同行專家通訊評審和會議評審，根據《國家自然科學基金條例》、國家自然科學基金相關管理辦法和專家評審結果，2009年9月1日，國家自然科學基金委員會委務會議批準資助了如下類型項目：
1.面上項目10061項，資助經費330516萬元，資助率17.49%，平均資助強度32.85萬元/項。
2.青年科學基金項目6079項，資助經費120304萬元，資助率21.31%，平均資助強度19.79萬元/項。
3.地區(qū)科學基金項目922項，資助經費22180萬元，資助率19.09%，平均資助強度24.06萬元/項。
4.重點項目391項，資助經費72408萬元，平均資助強度185.19萬元。
5.重大項目11項，資助經費11000萬元，平均資助強度1000萬元/項。
6.創(chuàng)新研究群體28個，資助經費13700萬元。
7.海外與港澳學者合作研究基金項目77項，資助經費1540萬元。
8.科學儀器基礎研究項目35項，資助經費5000萬元。
9.科普項目10項，資助經費200萬元。
10.重大國際(地區(qū))合作研究項目47項，資助經費5050萬元。
11.部分聯合資助基金項目109項，資助經費5460萬元。
其他類型項目，如國家杰出青年科學基金、重大研究計劃、國家基礎科學人才培養(yǎng)基金等正在審批過程中。