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深圳灣實(shí)驗(yàn)室饒浪/新加坡國立大學(xué)陳小元 Nat. Nanotechnol.:機(jī)器學(xué)習(xí)輔助納米診療
2024-10-14  來源:高分子科技

  近年來,納米材料與技術(shù)因其在藥物遞送、診斷、成像及疫苗開發(fā)等領(lǐng)域的獨(dú)特優(yōu)勢,已被廣泛應(yīng)用于臨床實(shí)踐。諸如金納米粒子、聚合物膠束以及脂質(zhì)納米粒子等,已獲批用于臨床診斷,或在磁共振成像、癌癥化療及抗病毒疫苗開發(fā)等領(lǐng)域展現(xiàn)出巨大潛力。盡管前景廣闊,納米材料合成的耗時(shí)性、對納米-生物相互作用理解的不足,以及臨床轉(zhuǎn)化和商業(yè)化過程中的成本控制等問題,成為了制約納米材料與技術(shù)進(jìn)一步發(fā)展的瓶頸。


  機(jī)器學(xué)習(xí)(Machine Learning, ML),作為人工智能的一個(gè)重要分支,專注于構(gòu)建能夠從數(shù)據(jù)中學(xué)習(xí)并自主決策的模型。它涵蓋了監(jiān)督學(xué)習(xí)(如邏輯回歸、KNN、隨機(jī)森林等)、無監(jiān)督學(xué)習(xí)(如k-means、層次聚類等)、半監(jiān)督學(xué)習(xí)(如自訓(xùn)練、協(xié)同訓(xùn)練)以及強(qiáng)化學(xué)習(xí)(如馬爾可夫決策過程、Q-學(xué)習(xí))等多種方法。憑借其在處理耗時(shí)任務(wù)和結(jié)果感知任務(wù)上的獨(dú)特優(yōu)勢,ML有望為納米診療劑及其策略的發(fā)展開辟了新的途徑。


  2024年10月3日,深圳灣實(shí)驗(yàn)室饒浪/新加坡國立大學(xué)陳小元等在《自然:納米技術(shù)》(Nature Nanotechnology)雜志在線發(fā)表了題為“機(jī)器學(xué)習(xí)輔助納米診療”(Designing nanotheranostics with machine learning)的綜述論文(圖1),回顧了納米診療領(lǐng)域的最新研究進(jìn)展,詳細(xì)闡述了納米診療所面臨的挑戰(zhàn),并深入探討ML該領(lǐng)域的發(fā)展所帶來的機(jī)遇,有望納米診療領(lǐng)域的發(fā)展提供思考借鑒。


圖1、論文首頁截圖。


  在ML引導(dǎo)納米粒子合成方面,納米粒子的形態(tài)、尺寸及表面化學(xué)等特性對其功能至關(guān)重要。為了在診療中實(shí)現(xiàn)納米粒子的最佳利用,必須對其特性進(jìn)行精確控制,這涉及多種試劑和相互依賴的實(shí)驗(yàn)條件。ML在規(guī)劃實(shí)驗(yàn)和預(yù)測結(jié)果上具有顯著優(yōu)勢,如利用神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)建立反應(yīng)條件與金屬納米粒子平均尺寸之間的關(guān)聯(lián),或運(yùn)用遺傳算法探索納米粒子形狀的演變等(圖2。ML為加速納米顆粒的開發(fā)提供了一種有前景的解決方案,并有望推動(dòng)新納米顆粒的發(fā)現(xiàn)。


圖2、ML輔助納米材料合成。


  在ML輔助理解納米-生物相互作用方面,深入了解納米生物相互作用對于開發(fā)更安全、更有效的納米顆粒至關(guān)重要。ML模型在數(shù)據(jù)聚類、分類及預(yù)測上的獨(dú)特優(yōu)勢,有助于識(shí)別影響納米生物相互作用的關(guān)鍵因素。通過ML模型,可以預(yù)測蛋白質(zhì)在納米粒子表面的吸附及其相關(guān)生物效應(yīng),利用蛋白質(zhì)冠信息預(yù)測納米細(xì)胞相互作用、細(xì)胞毒性,以及加速預(yù)測腫瘤組織的藥物遞送效率和納米粒子在體內(nèi)的分布及毒性(圖3。ML加速了對納米顆粒與細(xì)胞間相互作用的理解,為開發(fā)安全、高效的納米顆粒提供了有力支持。


圖3、ML輔助理解納米相互作用。


  在ML增強(qiáng)納米診療應(yīng)用方面,納米技術(shù)已開發(fā)出一系列具有診斷和治療能力的納米治療平臺(tái),以強(qiáng)化疾病管理。近年來,計(jì)算能力和大數(shù)據(jù)的顯著提升極大地推動(dòng)了ML的發(fā)展,為納米治療診斷應(yīng)用帶來了前所未有的機(jī)遇。例如,ML被應(yīng)用于納米等離子體檢測和納米孔測序中,提高了檢測的準(zhǔn)確性和靈敏度,包括運(yùn)用支持向量機(jī)算法檢測新冠病毒等(圖4)。ML的引入提高了臨床檢測和分子成像的準(zhǔn)確性,以及治療策略和/或藥物的療效。


圖4、ML輔助納米診療應(yīng)用。


  本論文既強(qiáng)調(diào)了ML輔助納米診療的獨(dú)特機(jī)遇,也指出了該領(lǐng)域面臨的重大挑戰(zhàn)。盡管我們正處于大數(shù)據(jù)時(shí)代,但納米診療的數(shù)據(jù)對于ML建模來說仍然相對匱乏,需要投資收集專門的數(shù)據(jù)集或生成模擬數(shù)據(jù)。同時(shí),納米診療數(shù)據(jù)具有復(fù)雜性,需要整合多模態(tài)和多尺度數(shù)據(jù),這可通過多種策略加以克服。此外,ML模型的“黑箱”性質(zhì)限制了對生物機(jī)制和臨床結(jié)果的理解,需要開發(fā)新的策略來解決這一問題。因此,ML輔助納米治療診斷中最核心、最關(guān)鍵的挑戰(zhàn)在于迫切需要大量、可靠且注釋良好的數(shù)據(jù)來訓(xùn)練ML模型。在未來,數(shù)學(xué)、計(jì)算機(jī)科學(xué)、納米技術(shù)、材料科學(xué)、生物學(xué)、化學(xué)及臨床醫(yī)學(xué)等多學(xué)科的專家需要攜手合作,以更好地利用人工智能促進(jìn)納米診療的發(fā)展。


  深圳灣實(shí)驗(yàn)室饒浪與新加坡國立大學(xué)陳小元為本文的共同通訊作者,麻省理工學(xué)院/波士頓學(xué)院袁園、騰訊AI實(shí)驗(yàn)室/英特靈達(dá)沈西、清華大學(xué)喻國燦對本文也做出了重要貢獻(xiàn)。本工作受國家自然科學(xué)基金、深圳市醫(yī)學(xué)研究專項(xiàng)基金等資助。


  原文鏈接:https://www.nature.com/articles/s41565-024-01753-8 

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